Antibodypedia 是一個包含供應商信息(例如,產品編號、供應商名稱、宿主物種、克隆性、純化過程、反應性、同種型、濃度、儲存、驗證數據)、參考文獻、用戶提交的驗證數據和用戶評論的抗體數據庫。除以上信息之外,Antibodypedia 還提供一些其他資源,例如Nature Protocols 的實驗方案的鏈接、常見蛋白質家族列表、以及其他蛋白質相關資源的鏈接。除此之外,Antibodypedia還為上傳驗證數據的提供資金獎勵,以及報告錯誤的選項。
Antibody Resource 是一個以表格形式輸出抗體試劑信息的數據庫,其信息包括供應商名稱、供應商的產品編號、宿主物種、克隆性、物種反應性(是否可以跨不同物種檢測蛋白質)和相關應用(例如是否適用于蛋白質印跡等)。此外,Antibody Resource 還提供抗體的生物學通路等信息,和分享其他媒體途徑(如播客)的知識資源。
與Antibody Resource 類似,Antibody Registry 也是以表格形式輸出抗體試劑信息的數據庫,輸出供應商產品編號、完整抗體名稱、結合狀態(tài)、目標抗原和反應性、宿主物種、克隆性、合適的實驗應用、參考 PMID 編號以及一級或二級抗體信息。 但是,它是 RRID 計劃的官方抗體識別數據庫。
· CiteAb
CiteAb 是另一個綜合抗體數據庫,同樣包含供應商信息(例如,產品編號、供應商名稱、宿主物種、克隆性、純化過程、反應性、同種型、濃度、儲存、驗證數據)和附加信息(例如綴合狀態(tài)、目標蛋白)的和基因、修飾、一級或二級信息、參考文獻和用戶提交的驗證數據。
· Antibodies Chemically Defined (ABCD)
ABCD 數據庫于 2020 年推出,屬于Expasy數據庫的一部分,ABCD整合了具有已知序列(被驗證過的)的抗體及其對應抗原的信息,每個抗體都有其ID 號,可在文獻中查詢,旨在幫助科研人員提高實驗的可重復性。
· BenchSci
BenchSci 是一個AI 輔助抗體試劑選擇平臺,它收集相關的科學論文和試劑目錄,使用專有的機器學習模型從中提取相關的數據點,使結果以易于使用的界面搜索方式提供,根據現有的實驗證據,科學家們可以快速地預先確定一種特定的試劑是否適合他們的實驗, 該平臺提供論文著作鏈接、供應商驗證數據和其他獨立研究的驗證實驗,BenchSci能夠直接查找出文獻中使用抗體的數據圖,以及有關反應性、克隆性、宿主、PTM、特異性的數據, 用戶可以根據實驗類型、組織、細胞系和疾病類型搜索抗體,輸出的信息可以通過目標蛋白質、特定抗體名稱或目錄號進行過濾分類,還可保存搜索結果,及收到最近抗體動態(tài)信息通知。
· Linscott’s Directory of Immunological & Biological Reagents
該平臺同樣是一個包含供應商信息(例如,產品編號、供應商名稱、宿主物種、克隆性、純化過程、同種型、亞類、濃度、儲存、目標蛋白和供應商網站)的數據儲庫。
Validated Antibody Database可以輸出供應商信息數據(例如,產品編號、供應商名稱、宿主物種、克隆性、純化過程、同種型、濃度、儲存、運輸條件、目標蛋白、應用程序和供應商網站),以及使用抗體的論文著作。
EuroMAbNet 與其他數據庫的不同之處在于它對非商業(yè)抗體進行了編目,提供這些抗體在文獻中的使用驗證信息,例如宿主物種、克隆性、純化過程、同種型、亞類、儲存、濃度、目標蛋白、應用、交叉反應性和實驗室網站。
· Bioz
Bioz是一個基于AI 的抗體數據庫,提供供應商信息,例如,產品編號、供應商名稱、宿主物種、克隆性、純化過程、同種型、濃度、儲存、結合狀態(tài)、目標蛋白和參考。Bioz 對科研界人員免費,允許用戶根據展示使用抗體的實驗(例如 WB 、IHC 等)數據圖進行搜索,此外Bioz根據抗體使用發(fā)表時間、發(fā)表著作影響因子等對抗體產品打分。
Antybuddy 是一個抗體評論數據庫,其中列出了供應商信息(例如,產品編號、供應商名稱、克隆性、實驗應用、來自的供應商的驗證),以及用戶的評論和使用體驗。
· pAbmAbs
pAbmAbs 同樣是一個抗體評論平臺,包含了供應商信息(例如,公司名稱、目錄號、宿主物種、目標蛋白、克隆性和應用),該網站還包含了用戶使用抗體的實驗方案、靶蛋白信息和稀釋度,并且它也對提交數據的用戶提供資金獎勵,鼓勵更多用戶分享他們的驗證信息。
抗體數據庫的主要局限:缺乏抗體序列
以上數據庫除了Antibodies Chemically Defined (ABCD)之外,均不包含抗體序列信息,而確認所使用抗體的氨基酸序列是確保實驗可重復性的最理想的方法,這時就可以使用抗體從頭測序(de novo antibody sequencing)來對抗體蛋白進行測序,從而方便確認抗體的性質,以及重組表達純化,生成高度均一的抗體,提高實驗的可重復性??煨蛏飺碛腥蝾I先的抗體從頭測序技術(de novo antibody sequencing),已成功對五千多例抗體蛋白進行測序,包括序列未知的抗體試劑,該技術可以對所有物種來源和類型的抗體進行直接測序,確定其氨基酸全長序列,無需雜交瘤細胞系或數據庫信息,提供100% 覆蓋率和準確度的服務保障。