腫瘤細(xì)胞表面的MHC I能夠呈遞具有高度特異性的肽段，稱為腫瘤新抗原(neoantigen)。由于在正常細(xì)胞中并不表達(dá)，因此這類肽段是腫瘤免疫治療和腫瘤疫苗的理想靶點(diǎn)。
項(xiàng)目意義
1.能夠直接鑒定被呈遞到細(xì)胞膜表面的肽段；
2.能夠鑒定到多種不同來(lái)源的突變肽段，比如由非正常的蛋白質(zhì)翻譯產(chǎn)生的肽段，由于蛋白酶體或剪接體功能缺陷而產(chǎn)生的異常拼接的肽段，發(fā)生翻譯后修飾的肽段等。
技術(shù)流程
1）弱酸洗脫（mild acid elution, MAE）: 在低pH值的洗脫液中，細(xì)胞表面與MHC I結(jié)合的肽段會(huì)游離到溶液中，從而被提取出來(lái)。整個(gè)過(guò)程中細(xì)胞沒(méi)有被破碎，從而最大程度地避免了來(lái)自細(xì)胞內(nèi)部的污染，同時(shí)這種方法實(shí)驗(yàn)步驟少，樣品損失少，適合細(xì)胞數(shù)目較少的新鮮細(xì)胞；
2）免疫沉淀（immunoprecipitation, IP）: 將抗體固定在固相載體上，之后與細(xì)胞裂解液孵育，抗體會(huì)特異地結(jié)合MHC I，而其他不與抗體結(jié)合的蛋白則被移除，最后將與MHC I結(jié)合的肽段洗脫下來(lái)。相較于MAE，這一方法富集得到的肽段的特異性更強(qiáng)，得到的肽段數(shù)目也更多，但每次實(shí)驗(yàn)均需要消耗大量的抗體，實(shí)驗(yàn)步驟較多，樣品損失較大，所以需要的細(xì)胞數(shù)目也較多，適用于冷凍細(xì)胞和實(shí)體腫瘤樣品。
【客戶可以根據(jù)樣品類型，選擇一種或者兩種樣品前處理方法，也可以咨詢我們的售前團(tuán)隊(duì)，最終確定一種最優(yōu)的樣品處理方法，使得樣品中的每一個(gè)細(xì)胞都能被充分利用。】
樣品前處理所得肽段經(jīng)過(guò)Thermo Scientific Orbitrap Eclipse Tribrid高分辨率的質(zhì)譜儀分析，可以得到大量高精度，高可信度的數(shù)據(jù)。質(zhì)譜數(shù)據(jù)最后經(jīng)由我們公司獨(dú)立研發(fā)的De novo測(cè)序平臺(tái)分析，可以獲得大量潛在的新抗原序列。該平臺(tái)是基于公司總裁兼聯(lián)合創(chuàng)始人馬斌教授二十余年的科研成果開(kāi)發(fā)完成的，能夠有效的鑒定到含有各種突變類型的肽段。
技術(shù)優(yōu)勢(shì)
我們把肽段提取，質(zhì)譜鑒定，數(shù)據(jù)分析中的每一個(gè)步驟都進(jìn)行了深度的優(yōu)化，最終整合成為一套標(biāo)準(zhǔn)操作流程。其中的技術(shù)亮點(diǎn)歸納如下：1. 精心優(yōu)化的實(shí)驗(yàn)流程：新抗原的豐度普遍偏低，因此我們優(yōu)化了肽段提取過(guò)程中的相關(guān)步驟，在減少樣品的損失的前提下，提高了肽段的富集效率；2. 先進(jìn)的設(shè)備：我們采用高分辨、高靈敏度的質(zhì)譜儀對(duì)提取到的肽段進(jìn)行分析，同時(shí)，根據(jù)這些肽段的特征，我們對(duì)質(zhì)譜儀的參數(shù)進(jìn)行了調(diào)整和優(yōu)化，以提高肽段的鑒定率；3. 獨(dú)有的肽段從頭測(cè)序技術(shù)：新抗原多是帶有突變的肽段，其準(zhǔn)確的氨基酸序列在公共的蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫(kù)中是不存在的。我們獨(dú)有的肽段從頭測(cè)序技術(shù)從根本上解決了這個(gè)難題，該技術(shù)僅靠譜圖就可以高效地鑒定出含有各種突變類型的新肽段，整個(gè)過(guò)程中完全不需要基因組或轉(zhuǎn)錄組測(cè)序的數(shù)據(jù)；4. 系統(tǒng)性優(yōu)化的數(shù)據(jù)分析軟件：新抗原與傳統(tǒng)蛋白質(zhì)組學(xué)中產(chǎn)生的肽段有很大不同，后者多是胰蛋白酶（Trypsin）酶切之后的肽段，以賴氨酸（K）或者精氨酸（R）結(jié)尾。而新抗原則沒(méi)有這種規(guī)律，這給數(shù)據(jù)分析帶來(lái)了很大的困難。針對(duì)這種情況，我們對(duì)整個(gè)數(shù)據(jù)分析軟件進(jìn)行了定向的優(yōu)化，以進(jìn)一步提高肽段的鑒定率。
服務(wù)優(yōu)勢(shì)
1. 專業(yè)的售前團(tuán)隊(duì)：根據(jù)客戶的樣品類型和預(yù)期結(jié)果定制專業(yè)的項(xiàng)目方案和整體解決方案，讓您感受到物超所值；2. 專業(yè)的項(xiàng)目管理團(tuán)隊(duì)：從合同簽訂，樣品寄送，到項(xiàng)目開(kāi)展，再到結(jié)果交付都有項(xiàng)目經(jīng)理與您對(duì)接，及時(shí)告知項(xiàng)目進(jìn)展情況并解答您的疑問(wèn)，溝通更順暢，服務(wù)體驗(yàn)更優(yōu)質(zhì)；3. 嚴(yán)格的質(zhì)量控制團(tuán)隊(duì)：整個(gè)實(shí)驗(yàn)過(guò)程和數(shù)據(jù)分析都有專人嚴(yán)格把關(guān)，只有滿足我們內(nèi)部的質(zhì)控標(biāo)準(zhǔn)才能出具項(xiàng)目報(bào)告；4. 專業(yè)的售后服務(wù)團(tuán)隊(duì)：項(xiàng)目交付后，關(guān)于項(xiàng)目報(bào)告的任何問(wèn)題，我們都有專業(yè)的人士為您解答；5. 優(yōu)秀的領(lǐng)導(dǎo)團(tuán)隊(duì)：我們公司各個(gè)團(tuán)隊(duì)的負(fù)責(zé)人都在各自領(lǐng)域擁有多年工作經(jīng)驗(yàn)和超高的專業(yè)素養(yǎng)，從而保證能夠以超高的標(biāo)準(zhǔn)完成每個(gè)項(xiàng)目，不辜負(fù)客戶的信賴。
樣品要求
1. 樣品類型：癌癥細(xì)胞系，組織樣品
2. 樣品量：細(xì)胞≥10?；組織≥200mg
交付標(biāo)準(zhǔn)
2. 交付內(nèi)容：1）鑒定報(bào)告，包含所有鑒定到的肽段序列；2）分析報(bào)告，我們會(huì)對(duì)所有帶有突變的肽段進(jìn)行標(biāo)注，并預(yù)測(cè)這些肽段是否會(huì)結(jié)合MHC I。
分析報(bào)告中的部分內(nèi)容如上圖所示：
左圖為與MHC I結(jié)合的肽段的長(zhǎng)度分布圖，右圖為這些肽段所擁有的序列特征（motif），這些結(jié)果與文獻(xiàn)中發(fā)表的結(jié)論一致。上述結(jié)果均來(lái)自于我們公司獨(dú)立產(chǎn)生的數(shù)據(jù)。
