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抗體序列在抗體驗(yàn)證中的重要性

2022-01-15

抗體作為蛋白質(zhì)的重要類別,其氨基酸序列可以直接影響抗體的性質(zhì),許多研究表明,當(dāng)抗體的氨基酸序列發(fā)生變化后,其對靶蛋白的識(shí)別能力,親和力,及在細(xì)胞內(nèi)的半衰期均有可能受到影響。而這種變化在許多情況下不可避免,例如,抗體的制備一般需要?jiǎng)游锩庖吆碗s交瘤細(xì)胞培養(yǎng),這些流程都有一定的出錯(cuò)率;在細(xì)胞系中,抗體基因在復(fù)制、轉(zhuǎn)錄、翻譯及翻譯后會(huì)出現(xiàn)各種錯(cuò)誤,造成抗體序列的變化,導(dǎo)致抗體特性的改變甚至喪失。

 

在進(jìn)行抗體驗(yàn)證或鑒定時(shí),人們往往更加側(cè)重于抗體特異性的測試,而忽視抗體序列的重要性,研究人員通常采用免疫組化、免疫印跡(Western Blot)和ELISA等方法測試抗體與靶蛋白的結(jié)合,然而,這些測試雖然能夠間接地檢測出脫靶問題,卻無法深入地了解抗體本身的序列變化以及產(chǎn)生額外表達(dá)鏈的可能。

 

抗體中的額外鏈先前被認(rèn)為是沒有任何功能的,然而最近有研究表明,這些額外鏈的產(chǎn)生會(huì)干擾實(shí)驗(yàn),并導(dǎo)致交叉反應(yīng)問題,在這項(xiàng)研究中,研究者隨機(jī)分析了 185 個(gè)雜交瘤細(xì)胞的測序數(shù)據(jù),他們發(fā)現(xiàn),除了細(xì)胞本應(yīng)表達(dá)的單克隆抗體之外,這些雜交瘤細(xì)胞中有 32% 還表達(dá)了額外的功能性輕鏈和重鏈,這些額外鏈基因的表達(dá)降低了目標(biāo)抗體的特性,包括特異性,結(jié)合信號(hào)以及信噪比。因此,在實(shí)際研究中,了解抗體的序列信息至關(guān)重要。同時(shí),在快序生物過去數(shù)千例抗體測序的經(jīng)驗(yàn)中,我們同樣注意到純化抗體樣品中存在額外鏈的情況十分常見,因此,我們對80個(gè)抗體蛋白樣品進(jìn)行了分析,在其中的11個(gè)樣品中檢測到了額外的輕鏈,占總樣品的14%(圖1)。


圖1.對80個(gè)抗體樣品進(jìn)行了測序分析,在14%的樣品中檢測到額外的輕鏈。

 

由上可知,在抗體驗(yàn)證中,測試抗體的特異性和一致性同等重要,二者兼施才能保證準(zhǔn)確性。傳統(tǒng)的測試抗體一致性的方法有肽圖分析、液相色譜及基因測序,而這些技術(shù)均有局限性,肽圖分析無法達(dá)到較高的序列覆蓋率,往往需要進(jìn)行多次;液相色譜僅能提供有限的抗體結(jié)構(gòu)信息;基于核苷酸的測序則無法得到翻譯后修飾 (PTM)的重要信息。

 

快序生物的抗體蛋白測序技術(shù)彌補(bǔ)了傳統(tǒng)抗體驗(yàn)證方法的種種不足,抗體蛋白測序直接針對抗體蛋白進(jìn)行從頭測序,無需細(xì)胞系,無需DNA,結(jié)合高精度、高分辨率的質(zhì)譜設(shè)備,以及自主研發(fā)的抗體蛋白測序平臺(tái),可以快速地確定抗體的全長序列,準(zhǔn)確地發(fā)現(xiàn)基因突變,片段缺失,額外表達(dá)鏈,以及翻譯后修飾信息。結(jié)合快序生物的抗體蛋白測序和常規(guī)的特異性檢測(圖2),科研人員可全面地對抗體的序列和功能進(jìn)行鑒定,以保證抗體的質(zhì)量和實(shí)驗(yàn)的成功。

 

圖2.結(jié)合特異性和一致性檢測的抗體驗(yàn)證思路,其中,抗體蛋白測序可確認(rèn)抗體序列信息,是抗體一致性檢測有效直接的手段。

 

 

 

參考文獻(xiàn):

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