常用抗體序列數(shù)據(jù)庫一覽

· UniProt

UniProt 是一個全面的蛋白質(zhì)序列和功能信息資源平臺，其涵蓋面極廣，包含了大量來自研究文獻(xiàn)的蛋白質(zhì)生物學(xué)功能信息，不過由于UniProt的側(cè)重點不是抗體，它只包含一些代表性的胚系抗體序列，而非胚系抗體的序列信息非常有限。

· IMGT

國際免疫遺傳信息系統(tǒng)（IMGT）是一個專注于所有脊椎動物物種的免疫球蛋白、T細(xì)胞受體（T-cell Receptors，TCR）和主要組織相容性復(fù)合體（major histocompatibility complex，MHC）的整合數(shù)據(jù)庫。IMGT 共有七個數(shù)據(jù)庫，包括抗體序列、基因組和結(jié)構(gòu)信息。例如，IMGT 的單克隆抗體數(shù)據(jù)庫 （IMGT/mAb-DB），專門收錄了診斷或治療用單克隆抗體、免疫用融合蛋白、及臨床適應(yīng)癥中免疫系統(tǒng)相關(guān)蛋白信息。

· abYsis

abYsis是一個整合了抗體序列和結(jié)構(gòu)信息的在線抗體研究系統(tǒng)，包含了來自 EMBL-ENA 和 Kabat數(shù)據(jù)庫的序列信息，和來自 PDB 數(shù)據(jù)庫的結(jié)構(gòu)信息。 abYsis 可以搜索查找抗體的序列和結(jié)構(gòu)信息，包括詳細(xì)注釋、異常殘基的識別、以及翻譯后修飾位點。

· The ABCD (for AntiBodies Chemically Defined) database

ABCD 數(shù)據(jù)庫于 2020 年推出，屬于Expasy數(shù)據(jù)庫的一部分，ABCD整合了具有已知序列（被驗證過的）的抗體及其對應(yīng)抗原的信息，每個抗體都有其ID 號，可在文獻(xiàn)中查詢，旨在幫助科研人員提高實驗的可重復(fù)性。點擊以下鏈接查看ABCD提供的序列搜索教程：https://www.unige.ch/medecine/antibodies/files/7515/6593/6229/FAQAbSeq.pdf 

· SAbDab

結(jié)構(gòu)抗體數(shù)據(jù)庫 (SAbDab) 整合了PDB 中所有抗體蛋白的結(jié)構(gòu)和序列信息，數(shù)據(jù)中包括實驗信息，基因詳細(xì)信息，正確的重鏈和輕鏈配對，抗原詳細(xì)信息以及抗體-抗原結(jié)合親和力，用戶還可以在數(shù)據(jù)庫中搜索具有相似序列的抗體結(jié)構(gòu)。

· Thera-SAbDab

治療性結(jié)構(gòu)抗體數(shù)據(jù)庫 (Thera-SAbDab) 收集整理了世界衛(wèi)生組織 (WHO) 批準(zhǔn)的所有抗體藥物和納米抗體（nanobody）藥物信息，并識別SAbDab數(shù)據(jù)庫中具有相似或相同的可變域序列的抗體的相應(yīng)結(jié)構(gòu)。

· AHo’s Amazing Atlas of Antibody Anatomy (AAAAA)

AAAAA 是一種用于抗體結(jié)構(gòu)分析、建模和加工改造的工具，AAAAA 中對抗體的可變區(qū)域和重排序列的均以相同方式編號，便于用戶檢查抗體序列的可信度，以及找出異常殘基、測序錯誤、移碼突變、位點插入和缺失。

· Observed Antibody Space database

OAS 是一個收集和注釋大規(guī)模免疫組庫分析的數(shù)據(jù)庫，它目前包含來自超過 79 項研究的超過 10 億個序列，涵蓋不同的免疫狀態(tài)和物種（主要是人和小鼠）。

· cAb-Rep

cAb-Rep 是一個人類抗體庫資源平臺，它目前包含了從 121 個人類個體中收集的 306 個 B 細(xì)胞庫，其中包括健康的、接種疫苗的和自身免疫性疾病的捐贈者，該數(shù)據(jù)庫共有 267.9 和 7290 萬個全長 V(D)J 重鏈和輕鏈轉(zhuǎn)錄本信息。

如果抗體序列在這些數(shù)據(jù)庫中搜索不到怎么辦？

在數(shù)據(jù)庫中搜索不到某些抗體序列的情況并不少見，這可能是因為一些基因組尚未測序，也可能由于一些抗體序列信息沒有公開發(fā)表或向公眾提供，同時隨著免疫學(xué)研究的不斷進(jìn)展，越來越多的新抗體被發(fā)現(xiàn)，而顯然這些抗體的信息是數(shù)據(jù)庫中不存在的。

因此，抗體測序是解決以上問題必不可少的工具，快序生物的抗體從頭測序技術(shù)（de novo antibody sequencing）可以對所有物種來源和類型的抗體進(jìn)行直接測序，確定其氨基酸全長序列，無需雜交瘤細(xì)胞系或數(shù)據(jù)庫信息，提供100% 覆蓋率和準(zhǔn)確度的服務(wù)保障，我們的團(tuán)隊已成功對數(shù)千種抗體進(jìn)行測序，包括抗體試劑、治療用抗體，以及新發(fā)現(xiàn)的抗體，幫助研究人員在兩周內(nèi)得到抗體序列，對于無法從數(shù)據(jù)庫中搜索到的抗體，抗體從頭測序提供了快速有效的解決方案。

可以獲取多克隆抗體的序列信息嗎？

我們已從免疫兔血液的抗體混合物中獲取了完整序列信息，在無任何序列數(shù)據(jù)的情況下實現(xiàn)多抗測序，也就是說，快序生物的多抗測序發(fā)現(xiàn)平臺現(xiàn)在可以幫助科研人員從多克隆混合物中獲得單克隆抗體的序列信息，由于大多數(shù)抗體試劑和所有天然產(chǎn)生的抗體都是多克隆抗體，我們的多抗測序技術(shù)將在未來的生命科學(xué)研究中發(fā)揮無限可能。